Ponadto szczególny przypadek miał miejsce na Łotwie, gdzie zdobywca pucharu krajowego połączył się z klubem, który nie uzyskał początkowo prawa gry w rozgrywkach UEFA, a finalista tego pucharu uzyskał prawo gry w Lidze Mistrzów. Miejsce w I rundzie kwalifikacji Ligi Europy przypadło 4. drużynie ligi, 2. i 3. drużyna rozpoczęły swój udział w rozgrywkach od II rundy.
Poniższa lista obrazuje podział miejsc w poszczególnych rundach – ostateczna lista uczestników została ustalona po zakończeniu wszystkich rozgrywek, które umożliwiały udział w Lidze Europy 2009/2010 oraz po zakończeniu procesu przyznawania licencji na grę w rozgrywkach UEFA. Miejsca przysługujące danym federacjom w poszczególnych rundach LpWedług miejsca w rankingu ligowym oraz Fair Play UEFA z 2009. Federacje Faza kwalifikacyjna Razem I runda II runda III runda Runda play-off 1–3 Anglia • Hiszpania • Włochy L6 L5 P1 3 4–6 Francja • Niemcy • Rosja L5 L4 P1 3 7–9 Rumunia • Portugalia • HolandiaDla Holandii oznaczenie L5 odnosi się do drużyny, która wygrała baraże o miejsce w Lidze Europy UEFA.