Natomiast w warunkach bojowych, ze względów bezpieczeństwa, zabierano 30 min do przedziału minowego, gdyż miny znajdujące się w aparatach minowych (2 razy po 5 sztuk) powinny być uzbrojone, co znacznie obniżało bezpieczeństwo okrętu w przypadku ataku sił ZOP przeciwnikaAndrzej Makowski: Dywizjon okrętów podwodnych polskiej Marynarki Wojennej w kampanii wrześniowej, s. 66.. Układ minowy odbiegał więc konstrukcyjnie od swojego, uważanego za bardzo niezawodny, francuskiego pierwowzoru Normand-Fenaux – składającego się z 20 pionowych wyrzutni umieszczonych w zbiornikach balastowych po 10 na każdej stronie okrętu, z których każda mieściła 2 miny ułożone jedna nad drugą.

Znaczącym mankamentem okrętu był brak aparatów podsłuchowych (szumonamierników-peryfonów), co poważnie obniżało poziom bezpieczeństwa okrętu oraz jego sprawność bojową. Jak natomiast wszystkie okręty swojego typu, wyposażony był w urządzenie ŁS („aparat strzału dyskretnego”), które umożliwiało strzelanie torpedami z zanurzonego okrętu bez tworzenia się pęcherzy powietrznych zdradzających pozycję jednostki. Podobnie jak wszystkie przedwojenne polskie okręty podwodne, także „Rysia” charakteryzował bardzo krótki czas zanurzenia, wynoszący niespełna 50 sekund, co w sytuacji awaryjnej wydatnie podnosiło szansę na uniknięcie skutecznego ataku wroga.