W związku z ogłoszeniem 23 marca przez polski rząd częściowej mobilizacji wojsk, w tym na „Rysiu” oraz innych okrętach podwodnych i nawodnych, uzupełniono zapasy amunicji, paliwa i suchego prowiantu, oficerom zaś i marynarzom wstrzymano urlopy i nakazano zabrać na okręt rzeczy osobisteWojciech Budziłło (Wicher): Działania bojowe ORP Sęp we wrześniu 1939 roku, s. 12-17.. W tym okresie wszystkie jednostki dywizjonu uczestniczyły w intensywnych ćwiczeniach w Zatoce Gdańskiej i na południowym Bałtyku. Ćwiczono pływanie i manewrowanie w położeniu nawodnym i podwodnym, na różnych głębokościach oraz przy różnych prędkościach, wykonywano także strzelania torpedowe i artyleryjskie do celów morskich i powietrznych. Prowadzono także działania rozpoznawcze w pobliżu niemieckiej bazy w Piławie. Od maja 1939 roku zaczęła obowiązywać w całej flocie sześciogodzinna gotowość. W związku z zarządzeniem 24 sierpnia przez dowódcę dywizjonu, komandora porucznika Aleksandra Mohuczego, pełnej gotowości bojowej, załogi okrętów w ciągu kilku godzin uzupełniły na jednostkach zapasy paliwa, amunicji, torped, żywności i innych środków