Posługa biskupia Jako biskup, św. Rafał Guizar wsławił się stwierdzeniem: „Biskup może nie mieć mitry, pastorału, czy nawet katedry, ale musi mieć seminarium, gdyż od niego zależy przyszłość diecezji”. Znany był z upartej walki o otwarcie, a następnie utrzymanie seminarium w Xalapa. Kiedy to się nie udało przeniósł seminarium do Meksyku, gdzie funkcjonowało w konspiracji przez 15 lat jako jedyne seminarium w Meksyku w okresie prześladowań religijnych.
16 sierpnia 1923 r. wstąpił do Rady nr 2311 Zakonu Rycerzy Kolumba w Xalapa. Swoim zaangażowaniem przyczynił się do dynamicznego rozwoju nowych Rad Rycerskich w diecezji Veracruz i w całym Meksyku.
Biskup Rafał Guizar Valencia musiał ponownie opuścić Meksyk w 1927 r. w czasie prześladowań Kościoła za prezydentury Plutarco Elias Calles. Dzięki wsparciu Zakonu Rycerzy Kolumba i działaniom Rządu USA już w 1929 r. udało mu się powrócić do swojej diecezji.
Śmierć i kanonizacja Po powrocie do Meksyku, bp Rafał Guizar Valencia kontynuował swoją posługę biskupią. Zmarł śmiercią naturalną 6 czerwca 1938. Został beatyfikowany 29 stycznia 1995 przez papieża Jana Pawła II, a następnie kanonizowany 15 października 2006 przez papieża Benedykta XVI.