Ssaki Na terenie parku występuje 20 gatunków ssaków, w tym 16 chronionych. Bytują tu na stałe m.in. lis, tchórz zwyczajny, łasica, wiewiórka pospolita, mysz zaroślowa, szczur wędrowny, jeż europejski, ryjówka aksamitna i kret. Z terenów nadwarciańskich zachodzą sarna i borsuk. Niegdyś żyły też króliki europejskie, ale nie pokazują się już od lat, prawdopodobnie wystraszone przez psy i lisy. Cytadela jest ostoją zimową nietoperzy (12 gatunków, możliwe, że więcej, m.in. nocek Natterera, nocek rudy, nocek duży, mopek i karlik). Jest to najważniejsze zimowisko tych ssaków w Poznaniu i jedno ze znaczących w PolscePTOP Salamandra, tablica informacyjna in situ.
Ptaki Z ptaków na Cytadeli występuje m.in. grzywacz, bogatka zwyczajna, modraszka zwyczajna, rudzik, kos, drozd śpiewak, szpak zwyczajny, kapturka, zięba, dzwoniec, pierwiosnek, piecuszek, świstunka leśna, gajówka, puszczyk, uszatka, kwiczoł, pleszka, wilga, kowalik i zaganiacz zwyczajny (ten ostatni jest gatunkiem zagranicznym). Dzięcioły reprezentują: dzięcioł duży, dzięcioł czarny, dzięcioł zielony, dzięciołek i krętogłów. Z uwagi na rozległe miejsca odpoczynku i obfitość pokarmu (berberys, tarnina, głóg, bez, jarząb, czeremcha) teren parku jest atrakcyjny dla ptaków przelotnych i zimujących: grubodziobów, szpaków, gili i jemiołuszek.