Systematycznie niszczono obiekty związane z polską kulturą i historią: Zamek Królewski, klasycystyczne pałace, teatry, filharmonię, planowej destrukcji poddano dzielnicę żydowską.
Kolejną falę zniszczeń przyniosły walki w powstaniu warszawskim. Jeszcze większych zniszczeń (30% zabudowy miasta) dokonali naziści po upadku powstania, wykonując rozkaz Himmlera całkowitego zburzenia Warszawy:
Całość strat materialnych poniesionych przez miasto i jego mieszkańców (budynki, obiekty zabytkowe, infrastruktura miejska, przemysł) oszacowano w 2004 na 18,20 miliarda zł (według wartości złotego z sierpnia 1939).
Olbrzymie zniszczenia podczas II wojny światowej (ponad 85% zabytkowego centrum miasta), miały wpływ na obecny wygląd i układ przestrzenny miasta. Niektóre rejony miasta, jak np. Muranów – część utworzonego przez Niemców getta, zostały niemal całkowicie zrównane z ziemią.