Kontrola pooperacyjna polega na regularnym sprawdzaniu poziomu TSH. Poza przypadkiem, gdy rak tarczycy został całkowicie usunięty, regularnie przeprowadza się terapię radiojodem (RJT), czyli radioaktywnym jodem-131. W ramach tej terapii wykonuje się scyntygrafię, która informuje o kompletności tyreoidektomii i pokazuje ewentualnie niewykryte przerzuty nowotworowe do węzłów chłonnych. Terapia radiojodem jest niezawodna w zwalczaniu małych pozostałości guza albo przerzutów nowotworowych do węzłów chłonnych, prowadzi do farmakologicznej, radioizotopowej resekcji. Nie działa ona jednak na guzy niegromadzące jodu, np. rak anaplastyczny albo rdzeniasty tarczycy. Sukces terapii radiojodem dokumentuje się trzy miesiące później przez wykonanie kolejnej scyntygrafii.
Kontrole USG z początku wykonuje się często (co trzy miesiące), natomiast kontrole scyntygraficzne co rok.