razem z gminą na Wilczaku, Okolu, Szwederowie oraz Małych Bartodziejach.
Prace przy wznoszeniu i wyposażeniu kościoła ukończono na początku XX wiekuw latach 1906-1912.
Świątynia służyła niemieckiej gminie kościoła ewangelicko-unijnego do 1945 r., chociaż liczba ewangelików po 1920 w Bydgoszczy znacznie się zmniejszyław 1939 ewangelicy stanowili w Bydgoszczy niecałe 10% ogółu mieszkańców, natomiast dysponowali większą liczbą świątyń, niż katolicy.
3 i 4 września 1939 podczas odwrotu wojsk polskich z Pomorza doszło do stłumienia dywersji niemieckiej w Bydgoszczy, co propaganda hitlerowska okrzyknęła ”Krwawą Niedzielą”. Z wież kilku zborów ewangelickich, użytkowanych przez mniejszość niemiecką strzelano do żołnierzy wojska polskiego. Kościół ewangelicki na Czyżkówku był jednym z punktów oporu dywersantów. W efekcie spontanicznego tłumienia dywersji przez wojsko i mieszkańców miasta, kościół został ostrzelany.
Wnętrze kościoła zostało zdewastowane przez bojówki niemieckie w pierwszych dniach wojny. Następnie w nocy z 3 na 4 września podczas ostrzału spłonęła wieża kościołaBryll Stefan ks. Świątynie utracone. Bydgoska architektura sakralna minionych wieków. Bydgoszcz 2008.