Problemy finansowe w sezonie 1893/1894 doprowadziły do reorganizacji klubu, w ramach której jego nazwa została zmieniona na Manchester City FC.
Pierwszym osiągnięciem Manchesteru City było wygranie Second Division w 1899 i zarazem awans do najwyższej klasy rozgrywkowej, First Division, ale pierwszym znaczącym trofeum był dopiero Puchar Anglii zdobyty 23 kwietnia 1904 dzięki finałowemu zwycięstwu 1:0 nad Bolton Wanderers. City miało zresztą szansę na zdobycie w tym sezonie podwójnej korony, ale ostatecznie drużyna ukończyła rozgrywki ligowe na drugim miejscu w tabeli.
W kolejnych sezonach klub musiał stawić czoła oskarżeniom o nieprawidłowości finansowe, które ostatecznie doprowadziły do zawieszenia siedemnastu graczy, w tym kapitana, Billy’ego Mereditha, w 1906; Meredith wkrótce odszedł do Manchesteru UnitedJames, s. 59–65.. W 1920 pożar na Hyde Road zniszczył główną trybunę, a trzy lata później klub przeniósł się na nowy, specjalnie dlań wybudowany stadion – Maine Road w Moss Side.
W latach 30. Manchester City dwa razy z rzędu docierał do meczów finałowych Pucharu Anglii – w 1933 przegrał z Evertonem, a w 1934 roku wygrał z Portsmouth FC.