2 sierpnia inspektor sądowy Kirchner, który pełnił obowiązki naczelnika więzienia, został wezwany do pobliskich koszar SS przy ulicy Rakowieckiej 4. SS-Obersturmführer Martin Patz, dowódca 3. zapasowego batalionu grenadierów pancernych SS, oświadczył mu, że generał Reiner Stahel zarządził zlikwidowanie wszystkich więźniów. Ową decyzję zatwierdził również SS-Oberführer Geibel, który nakazał dodatkowo rozstrzelanie polskich strażników. Kirchner sporządził wówczas protokół przejęcia, na mocy którego przekazał do dyspozycji Patza wszystkich znajdujących się w zakładzie więźniów. Tego samego dnia w godzinach popołudniowych na teren więzienia wkroczył oddział SS. Blisko 60 więźniów zmuszono do wykopania trzech masowych grobów na więziennym podwórzu, po czym rozstrzelano ich ogniem broni maszynowej. Następnie Niemcy zaczęli wyciągać pozostałych więźniów z cel i mordować ich nad wykopanymi mogiłami. W kilkugodzinnej egzekucji zginęło ponad 600 osób osadzonych w więzieniu mokotowskim.