Emanuel de Witte malował początkowo sceny rodzajowe i historyczne oraz portrety. Po osiedleniu się w Amsterdamie skoncentrował się przede wszystkim na wnętrzach świątyń istniejących w rzeczywistości, jak i wyimaginowanych, łączył elementy z różnych kościołów w nową całość. Głównie uwiecznił na płótnach wnętrza amsterdamskiego Oude Kerk. W kościele wykonywał szkice, zaś malował w domu. Na żadnym ze swoich obrazów nie przedstawił widoku organów z przodu, najprawdopodobniej nie chciało mu się malować poszczególnych elementów. Jego obrazy świadczą o perfekcyjnej znajomości perspektywy, malarz przedstawiał kościoły pełne ludzi, akcentując przestrzenność kompozycji i stosując efekty światłocieniowe.
Był znany z wybuchowego charakteru, który sprawiał, że potencjalni klienci opuszczali obrażeni jego pracownię.
Namalował trzy wersje obrazu pt. Wnętrze synagogi Portugalskiej w Amsterdamie (na zdjęciu obok po prawej stronie). Pierwsza wersja znajduje się w Żydowskim Muzeum Historii (Joods Historisch Museum) w Amsterdamie, druga wersja w Muzeum Izraela w Jerozolimie, natomiast trzecia wersja zaginęła po 1945. Do 1935 znajdowała się w berlińskiej galerii Van Diemen, której właścicielami byli Jacob i Rosa Oppenheimer.