Tomasza Wilczyńskiego 4 grudnia 1960 obsługę kościoła Dobrego Pasterza rozpoczęli księża salwatorianie.
24 czerwca 1989 na mocy dekretu biskupa warmińskiego Edmunda Piszcza z mocą obowiązującą od 1 lipca 1989 parafia Dobrego Pasterza została reaktywowana i rozpoczęła funkcjonowanie jako druga parafia rzymskokatolicka na terenie miasta obok parafii św. Piotra i Pawła. Jej pierwszym proboszczem został ks. Joachim Strzelecki.
1 lipca 1990 z terytorium obu funkcjonujących w mieście parafii kościoła rzymskokatolickiego została wydzielona nowa parafia Matki Bożej Fatimskiej, w której pracę pełnią również salwatorianie.
Zasięg parafii Do parafii należą wierni z Węgorzewa mieszkający przy ulicach: Granicznej, Jaracza, Krótkiej, Ofiar Katynia, Placu Wolności, Pionierów, Poprzecznej, Portowej, Przemysłowej, Reymonta, Towarowej, Zamkowej(od nr. 24) i Zesłańców Sybiru oraz wierni z miejscowości: Janówko, Mały Trygort, Ruska Wieś i Trygort.
Parafia skupia około 1700 katolików z zamieszkujących na obszarze objętym jej terytorium ponad 2000 osób, pozostali należą do innych