Koniec lat 50. i lata 60. były dla WTW bardzo trudnym okresem. W 1958 roku klub posiadał zaledwie jedną łódź wyścigową – czwórkę ze sternikiem. Klub korzystał w tamtym okresie z przystani KW Wisła Warszawa. Rok później WTW otrzymało działkę na Cyplu Czerniakowskim, gdzie w 1962 roku osadziło na lądzie wycofany z eksploatacji statek bocznokołowy „Kościuszko”, który przez wiele lat pełnił funkcję przystani klubowej. Zakup sprzętu, zatrudnienie kilku trenerów oraz przejęcie sekcji wioślarskiej klubu „Warszawianka”, stopniowo poprawiły wyniki sportowe WTW. Klub pozyskał instytucjonalnego sponsora – powiązane ze spółdzielczością Zrzeszenie Sportowe „Start”. Na pierwsze sukcesy klub czekać jednak musiał do początku lat 70., gdy medale na mistrzostwach Polski zaczęli zdobywać zawodnicy młodszych kategorii wiekowych. W tym czasie klub zmodernizował na Cyplu Czerniakowskim przystań, która wciąż miała charakter prowizoryczny. W roku 1976, po wieloletnim procesie sądowym, WTW odzyskało Dom przy ul. Foksal, od lat 50. bezprawnie zajmował go bowiem klub KKS Polonia Warszawa. Koniec lat 70. przyniósł kryzys finansowy i wyraźny regres sportowyZbigniew Grabowski (red.), Warszawskie Towarzystwo Wioślarskie 1878-1978, Wydawnictwo Akcydensowe 1978, s. 65–85.. Problemy te pogłębiły się w latach 80.