W maju 1986 rząd Sadika al-Mahdiego rozpoczął negocjacje pokojowe z Ludową Armią Wyzwolenia Sudanu (SPLA), kierowaną przez płk. Johna Garanga. W tym samym roku SPLA oraz wiele innych partii politycznych Sudanu spotkało się w Etiopii oraz wystosowało wspólnie deklarację „Koka Dam”, wzywającą do zniesienia islamskiego prawa konstytucyjnego i zwołania konferencji. W 1988 SPLA i DUP zgodziła się na plan pokojowy, zakładający zniesienie paktów wojskowych z Egiptem i Libią, zamrożenie prawa islamskiego (szariatu), zakończenie stanu wyjątkowego wraz z zawieszeniem broni. Plan przewidywał także zwołanie Zgromadzenia Konstytucyjnego.
W tym okresie wojny domowej wzrosła liczba zabitych, a stan gospodarki nadal się pogarszał. Gdy w 1988 ceny podstawowych towarów zostały podniesione, doszło do zamieszek, w wyniku których podwyżki anulowano. Gdy premier Sadik al-Mahdi odmówił zatwierdzenia planu pokojowego osiągniętego przez Demokratyczną Partię Unionistów (DUP) i SPLA w listopadzie 1988, DUP opuścił rząd. Nowy rząd składał się zasadniczo z partii Umma i islamskich fundamentalistów z Islamskiego Frontu Narodowego (NIF).