Powstańcze szpitale likwidowano zazwyczaj według bardzo podobnego schematu. Niemcy i kolaboranci ze wschodnich jednostek ochotniczych wpadali do szpitalnych pomieszczeń nakazując personelowi oraz lżej rannym opuścić budynek w ciągu 5-10 minut. Po upływie wyznaczonego czasu (lub nawet wcześniej) podpalali szpital i przystępowali do mordowania rannych Polaków, często pastwiąc się nad nimi w okrutny sposób. Wielu rannych spalono żywcem (m.in. w szpitalach na Podwalu i przy ul. Kilińskiego 1/3). Dochodziło do przypadków mordowania członków personelu medycznego. Powstańcze sanitariuszki oraz lżej ranne pacjentki padały ofiarą gwałtów.
Lżej rannym oraz ocalałemu personelowi nakazywano zwykle opuszczenie Starego Miasta wraz z ludnością cywilną. Tylko nielicznym pacjentom udało się jednak ujść z życiem. Jeszcze na terenie Starówki oficerowie SS dokonywali „selekcji”, starając się wyłowić w tłumie wypędzonych ukrytych powstańców. Osoby podejrzane zabijano zazwyczaj na miejscu. Do największych egzekucji doszło na tzw. międzymurzu (ul. Wąski Dunaj), gdzie rozstrzelano od 70 do 100 osób (głównie rannych powstańców). Zwłoki pomordowanych palono, a kiedy w styczniu 1945 roku pierwsi warszawiacy wrócili na Starówkę, znaleźli na Wąskim Dunaju całą wannę napełnioną ludzkimi prochami.