Czystki polityczne Szybka kariera Dielsa została gwałtownie przyhamowana, kiedy został uwikłany w walkę o władzę pomiędzy Göringiem a Himmlerem. Himmler starał się o kontrolę nad całym aparatem policyjnym w Niemczech, także na terenie Prus. Jeszcze 15 września 1933 kiedy dowódcy Himmlera zostali przejęci przez SS i otrzymali stopnie Obersturmbannführer, Diels został zwolniony przez Göringa i jak sam utrzymywał musiał uciekać – zbiegł do Czechosłowacji. Jego mieszkanie i biuro zostały przeszukane przez SA i SS. Dopiero za namową Göringa, Diels wrócił do Berlina, gdzie 29 listopada 1933 powrócił na swoje poprzednie stanowisko kierownika Gestapy, obejmując jednocześnie funkcję wiceprezydenta berlińskiej policji. Po wojnie Diels twierdził, że był prześladowany przez SS, szczególnie przez Heydricha. 9 listopada 1933 otrzymał stopień SS-Standartenführera.
Wiele wpływowych osobistości reżimu nazistowskiego było niechętnych Dielsowi, również z powodu pomocy jakiej udzielił opozycjonistom (Severingowi i Kempnerowi) w wyjeździe za granicę. 21 kwietnia 1934 Diels został przeniesiony w stan spoczynku, a jego następcą został Himmler. Następnie Diels objął stanowisko prezydenta (niem.