W styczniu 1942 „Indomitable” posłużył jako transportowiec lotniczy: załadował w Port Sudan dwa dywizjony 232. i 258. brytyjskiego lotnictwa (RAF) z pilotami i myśliwcami Hawker Hurricane, pozostawiając w Adenie swoje dywizjony 800. i 827. FAA (pozostało 9 myśliwców Sea Hurricane z 880. Dywizjonu i 12 samolotów Fairey Albacore z 831. Dywizjonu). Następnie, 28 stycznia dostarczył lotem 48 myśliwców RAF do Batawii (operacja Opponent)W eskorcie niszczycieli HMAS „Nizam”, „Nestor” i „Napier” – Don Kindell, NAVAL EVENTS, JANUARY 1942, Part 1 of 2 i Part 2 of 2 w serwisie naval-history.net [dostęp 19-6-2009]. W lutym „Indomitable” eskortowany przez HMAS „Nestor” i „Napier” ponownie zawinął do Adenu i Port Sudan, po czym 6 i 7 marca dostarczył 60 Hurricane'ów 30. i 261. Dywizjonu RAF na CejlonDon Kindell, NAVAL EVENTS, MARCH 1942, Part 1 of 2 w serwisie naval-history.net [dostęp 19-6-2009]. Załadował następnie ponownie swoje samoloty, po czym bazował z głównymi siłami Floty Wschodniej w Trincomalee na Cejlonie.
„Indomitable” przydzielony został do Zespołu A („szybkiego”) Floty Wschodniej podczas japońskiego wypadu na Ocean Indyjski w kwietniu, lecz nie doszło do starć z przeciwnikiem.