W latach 1994–1997 z ramienia radykałów był posłem do Parlamentu Europejskiego IV kadencji, zasiadając w grupie Europejskiego Sojuszu Radykalnego.
Karierę polityczną i biznesową przerwały prowadzone przeciwko niemu postępowania korupcyjne, w tym dotyczące Olympique Marsylia. W 1995 został prawomocnie skazany na karę 2 lat pozbawienia wolności (w tym w części 8 miesięcy bez warunkowego zawieszenia) i na 3 lata pozbawienia praw publicznych.
Jednocześnie od 1993 toczył spór prawny z kontrolowanym przez skarb państwa Crédit Lyonnais (LCL), który dotyczył przeprowadzonej przez bank sprzedaży marki sportowej Adidas. Budzące wątpliwości działania banku doprowadziły do przejęcia należącego do Bernarda Tapie holdingu, a jego samego do bankructwa w 1994. W 2008 w wyniku postępowania arbitrażowego konsorcjum zarządzające pozostałym po LCL majątkiem zostało zobligowane do wypłaty przedsiębiorcy odszkodowania (łącznie ponad 400 milionów euro). Decyzja ta wzbudziła kontrowersje i doprowadziła do postępowania przeciwko ówczesnej minister finansów Christine Lagarde, której zarzucono zaniedbania. Ostatecznie w 2017 na drodze sądowej Bernard Tapie, pozostający wciąż osobą niewypłacalną, został zobowiązany do zwrotu wypłaconej kwoty.