W 1482 Jan i Władysław podzielili się miniaturową połową księstwa zatorskiego. Odtąd aż do śmierci Władysława w 1493 od państewka Jana V odpadły Wadowice.
Bezpotomne śmierci braci najpierw Wacława pomiędzy 1484 a 1487, potem Kazimierza w 1490, wreszcie Władysława w 1493 pozwoliły Janowi na powrót zjednoczyć księstwo zatorskie. Brak jednak legalnego potomstwa skłoniło Jana do sprzedaży w dniu 29 lipca 1494 królowi polskiemu Janowi Olbrachtowi swojego dziedzictwa za 80000 florenów. Odtąd formalnym właścicielem tych ziem stała się Polska, choć Jan zachował tytuł książęcy i własność wielu nieruchomości w okolicy, w której zresztą dalej mieszkał. Jako dodatkowe uposażenie pozwalające Janowi utrzymać rangę książęcą było 200 grzywien rocznych dochodów zabezpieczonych na żupach solnych w Wieliczce.
Pomimo tego, że księstwo od 1494 stanowiło już formalną własność korony polskiej, pozycja Jana była na tyle silna, że zdołał wywalczyć możliwość złożenia ponownego hołdu lennego nowym władcom polskim - Aleksandrowi w 1501 i Zygmuntowi Staremu w 1506.