Pierwsze mecze rozegrano 28 i 30 lipca, rewanże – 4 i 6 sierpnia 2009.
Na żółtym tle przedstawiono drużyny, które awansowały z II rundy kwalifikacyjnej.
Drużyny rozstawione Drużyna Współcz. Drużyna Współcz. Roma 78,582 Odense BK 12,890 PSV Eindhoven 75,862 Lech Poznań 12,583 Hamburger SV 67,339 Slovan Liberec 12,150 Steaua Bukareszt 53,781 FK Crvena zvezda 12,050 Fenerbahçe SK 52,445 OFK Petrovac 12,016Współczynnik pokonanej przez Petrovac w II rundzie drużyny Anorthosis Famagusta (rozstawiona). FC Basel 51,050 Aberdeen 11,575 Lille OSC 47,033 Krylia Sowietow Samara 11,525 SC Braga 39,292 Brøndby IF 10,890 Club Brugge 34,065 Metałurh Donieck 10,370 Galatasaray SK 33,445 Helsingborgs IF 9,938 Austria Wiedeń 31,565 FC Vaslui 9,781 Qarabağ FK 28,760Współczynnik pokonanej przez Qarabağ Ağdam w II rundzie drużyny Rosenborg BK (rozstawiona). PAOK FC 9,633 Slavija Sarajewo 24,890Współczynnik pokonanej przez Slaviję w II rundzie drużyny Aalborg BK (rozstawiona). MŠK Žilina 8,933 Metalist Charków 24,370 Tromsø IL 8,760 Athletic Bilbao 23,853 Rapid Wiedeń 8,565 Hapoel Tel Awiw 18,050 FC Paços de Ferreira 8,292 Fulham 15,899 NAC Breda 7,826 CSKA Sofia 14,250