Pierwsze mecze rozegrano 28 i 29 lipca, rewanże – 4 i 5 sierpnia 2009.
Drużyny, które przegrały w tej rundzie, otrzymały prawo gry w rundzie play-off Ligi Europy UEFA.
Kwalifikacje dla mistrzów Drużyny, które awansowały z II rundy kwalifikacyjnej
Drużyny rozstawione Drużyna Współcz. Drużyna Współcz. Olympiakos SFP 52,633 Maccabi Hajfa 17,050 FC Kopenhaga 26,890 Dinamo Zagrzeb 16,466 Slavia Praga 25,150 FC Zürich 14,050 Tallinna FCI Levadia 9,583 FK Crvena zvezda 12,050 Partizan Belgrad 23,050 BATE Borysów 7,733
Drużyny nierozstawione Drużyna Współcz. Drużyna Współcz. Red Bull Salzburg 6,565 FK Ventspils 2,832 Debreceni VSC 4,938 NK Maribor 2,816 APOEL Nikozja 4,016 FK Aktöbe 2,333 Stabæk 3,760 Sheriff Tyraspol 1,958 Slovan Bratysława 2,933 FK Bakı 1,933
Pogrubiono nazwy drużyn, które awansowały do rundy play-off.
Pierwsze mecze
Rewanże
Kwalifikacje dla niemistrzów
Drużyny rozstawione Drużyna Współcz. Drużyna Współcz. Szachtar Donieck 74,370 Celtic 40,575 Sporting CP 68,292 RSC Anderlecht 32,065 Panathinaikos AO 56,633
Drużyny nierozstawione Drużyna Współcz. Drużyna Współcz.