Na początku lat 60. XX wieku władze coraz bardziej krytykowały politykę wewnątrzkościelną bpa Maksymiliana Rode, Kościół katolicki rósł w siłę, a rozbudowa Kościoła Polskokatolickiego zdecydowanie zwolniła tempo. W październiku 1965 na niejawnym zebraniu duchownych, w mieszkaniu bpa Juliana Pękali postanowiono o odsunięciu z urzędu zwierzchnika bpa Maksymiliana Rodego. Władze poparły ten wniosek i nakazały natychmiastowe złożenie urzędu. 1 listopada 1965 bp Maksymilian Rode oficjalnie zrzekł się urzędu Prymasa Kościoła Polskokatolickiego w PRL. Po gwałtownym odsunięciu od zwierzchnictwa nad Kościołem bpa Maksymiliana Rodego, przy zaangażowaniu Pierwszego Biskupa Polskiego Narodowego Kościoła Katolickiego w Stanach Zjednoczonych i Kanadzie Leona Grochowskiego, zwierzchnikiem Kościoła został ponownie bp Julian Pękala. 5 lipca 1966 do grona biskupów Kościoła Polskokatolickiego w PRL dołączyli jeszcze: ks. inf. Tadeusz Ryszard Majewski (od tej pory ordynariusz warszawski) oraz ks. dziek. Franciszek Koc (od tej pory ordynariusz wrocławski).