Wkrótce zawiązywały się kolejne wspólnoty w innych miastach Polski.
W 1922 ze Stanów Zjednoczonych przybył do Krakowa biskup elekt Franciszek Bończak celem objęcia kierownictwa misji w Polsce. Założył w 1923 organ prasowy „Polska Odrodzona”, zorganizował pierwsze Seminarium Duchowne w Krakowie przy ul. Madalińskiego 10. Pracę misyjną ogromnie utrudniał brak legalizacji działalności Kościoła. Po wyjeździe bp. Franciszka Bończaka do Stanów Zjednoczonych w grudniu 1927 PNKK w Polsce liczył ok. 50 tys. wiernych, skupionych w 22 parafiach. Gdy bp Franciszek Bończak opuścił Polskę, Kościołem kierował trzyosobowy Zarząd, który zwołał I Synod w Warszawie w dniach 27–29 czerwca 1928 roku. Dokonano wyboru kierownika Kościoła w osobie bp. Leona Grochowskiego, ordynariusza diecezji chicagowskiej. Bp Leon Grochowski tej funkcji nie objął. Dzięki poparciu i osobistemu zaangażowaniu bp. Franciszka Hodura, biskupem został wybrany ks. Władysław Faron, który w dniu 30 stycznia 1930 otrzymał sakrę biskupią. Jednak już 2 września 1931 na tzw. zjeździe krakowskim doszło w Kościele do rozłamu i powstania Polskiego Kościoła Starokatolickiego.