Józefa Padewskiego, który został ponownie wybrany zwierzchnikiem wspólnoty. Siedzibę władz przeniesiono ponownie do Krakowa.
Na początku lat 50. służby bezpieczeństwa państwa podjęły działania prowadzące do uzyskania całkowitej kontroli nad działalnością wszystkich związków wyznaniowych w Polsce. W 1951 grupa duchownych na czele z ks. Józefem Dobrochowskim, sterowana przez funkcjonariuszy V Departamentu Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego postanowiła przejąć kontrolę nad polską gałęzią PNKK. Aby ułatwić działalność bezpiece najpierw wielokrotnie namawiano biskupa Józefa Padewskiego do złożenia urzędu, ale widząc jego nieustępliwość i wierność misji powierzonej przez bp. Franciszka Hodura, ostatecznie aresztowano go i osadzono w więzieniu. Biskupowi postawiono zarzut złamania dekretu prezydenta RP z dnia 26 kwietnia 1936 o obrocie pieniężnym z zagranicą i obrocie pieniężnym zagranicznymi i krajowymi środkami płatniczymi. Inni jego współpracownicy (tj. ks. Edward Narbutt-Narbuttowicz i ks. Franciszek Koc) usłyszeli oskarżenia o współpracę z Gestapo oraz szpiegostwo na rzecz wywiadów brytyjskiego i amerykańskiego. 10 maja 1951 Radio Wolna Europa podało wiadomość: Ks. bp Józef Padewski został śmiertelnie zakatowany przez funkcjonariuszy Urzędu Bezpieczeństwa.