W latach 1994–2000 sprawował urząd ambasadora RP w Waszyngtonie. W okresie pełnienia przez niego tej funkcji prowadzone były intensywne działania lobbingowe i promocyjne oraz negocjacje dotyczące rozszerzenia NATO, zakończone przystąpieniem Polski do tej organizacji w 1999. Jerzy Koźmiński odgrywał aktywną i wysoko ocenianą rolę w tych działaniach, a także w kształtowaniu sojuszniczych relacji między Polską a USA. Jego aktywność i skuteczność w przekonywaniu środowisk decyzyjnych w Waszyngtonie były oceniane bardzo wysoko. Uznanie wobec jego działań wyrażali prezydent USA Bill Clinton oraz amerykańscy senatorowie.
W 2000 został prezesem zarządu Polsko-Amerykańskiej Fundacji Wolności, utworzonej w celu wspierania budowy społeczeństwa obywatelskiego, upowszechniania demokracji i gospodarki rynkowej. W 2004 kierował polskim komitetem organizacyjnym Europejskiego Szczytu Gospodarczego w Warszawie. Wszedł w skład rady programowej Kongresu Kultury Polskiej 2009. W 2010 został powołany na wiceprzewodniczącego rady Polskiego Instytutu Spraw Międzynarodowych, później pozostał członkiem rady. Został też członkiem Komisji Trójstronnej, przewodniczącym rady Fundacji Rozwoju Społeczeństwa Informacyjnego oraz Fundacji Dobrej Edukacji, członkiem rady Kolegium Europy Wschodniej im.