Po śmierci Władysława Pogrobowca doszło w 1457 do otwartego konfliktu między Albrechtem VI a jego bratem Fryderykiem V o panowanie nad rejonem Austrii zwanym „nad i pod Anizą”. Albrecht uważał siebie za następcę Władysława i przybrał tytuł władcy Austrii „nad i pod Anizą”. Jego brat Fryderyk, będący cesarzem, odrzucił jego pretensje, ale Albrecht, nie zważając na to, od 1458 mianował się władcą Austrii nad Anizą (Górnej Austrii). Po skutecznym oblężeniu brata Fryderyka i jego rodziny w wiedeńskim zamku w 1462 został także panem Austrii pod Anizą, czyli Dolnej Austrii.
Spór z bratem uwidocznił się w pełni w czasie wojny badeńsko-palatynackiej o arcybiskupstwo Moguncji. Brał w niej udział także Ulryk V Wirtemberski. Albrecht VI opowiedział się po stronie przeciwników cesarza. Wojna zakończyła się zwycięstwem cesarza w bitwie pod Seckenheim 30 czerwca 1462.
Albrecht VI zmarł nagle 2 grudnia 1463, mając 45 lat. Jego niespodziewana śmierć pomogła cesarzowi Fryderykowi w walce o panowanie nad całością habsburskich ziem tylko tymczasowo. Nowo wybrany węgierski król Maciej Korwin zdobył Styrię i Dolną Austrię. W 1485 opanował także Wiedeń, dokąd przeniósł stolicę swojego państwa.