W drodze powrotnej ponownie zatrzymał się w Lyonie, gdzie spędził trzy lata i zdobył niższe święcenia kapłańskie.
Po powrocie do Anglii założył klasztor w Ripon w Deirze. Uzyskał poparcie sprzyjających Kościołowi rzymskiemu króla Aldfryda i biskupa Agilberta. Podległym sobie mnichom nakazywał przyjąć obserwancję rzymską, a gdy odmawiali, usuwał ich z klasztoru. Wkrótce otrzymał z rąk Agilberta właściwe święcenia kapłańskie.
Gdy w 664 roku opróżnił się tron biskupi w Yorku, nowym biskupem został mianowany Wilfryd. Odmówił jednak przyjęcia sakry biskupiej z rąk heretyków (czyli Iroszkotów), przez co biskupstwo dzięki poparciu króla Oswiu objął Chad. Dopiero po rezygnacji Chada w 669 roku Wilfryd mógł objąć biskupstwo.
Podczas synodu w Whitby Wilfryd był de facto głównym przedstawicielem Kościoła rzymskiego, gdyż to on, a nie nieznający języka anglosaskiego Agilbert zabierał głos.