Powrócił do Paryża w 1672 roku. 18 września 1674 r. odkupił praktykę aptekarską od d’Antoine Régnier. Otworzył aptekę w piwnicy domu nazywanego Porte dorée na ulicy Galande, obok placu Maubert. Dawał tam publiczne pokazy dla osób szlachetnie urodzonych, zainteresowanych poznaniem tajemnic chemii. Szczególnym powodzeniem pokazy cieszyły się u dam, wśród których pojawiła się moda na imponowanie wiedzą. W styczniu 1676 r. Nicolas Lémery ożenił się z Madeleine Bellanger, córką paryskiego mieszczanina François Bellanger.
W 1681 r. ze strony króla zaczęła się presja, aby wszystkich francuskich protestantów tzw. hugenotów pozbawić prawa wykonywania zawodu i wygnać. W związku z tym Lémery wyjechał na krótko, prawdopodobnie do Niemiec. Wrócił dzięki protekcji księcia Condé. Jednakże już 6 lutego 1683 r. rodzina Lémery’ego sprzedała swoją aptekę Jeanowi Fradin, aptekarzowi w l'Hôtel Dieu de Paris, następnie 23 kwietnia 1683 r. Nicolas odsprzedał swą praktykę aptekarską Dionizemu Machuraux. Po krótkim pobycie w Anglii, Nicolas Lémery wrócił i już z końcem tego samego roku otrzymał doktorat z medycyny na uniwersytecie w Caen. Wrócił teraz do Paryża, gdzie praktykuje jako lekarz oraz uczy chemii. 18 października 1685 r. odwołano edykt z Nantes, w związku z czym Nicolas Lémery po raz kolejny został pozbawiony pracy.