30 czerwca 1941 do Lwowa wkroczyli Niemcy. Zaczęły się pogromy ludności żydowskiej miasta, a potem także masowe wywózki Żydów. Rodzina Aronsonów, choć w dokumentach miała wpisaną narodowość polską, znów musiała uciekać. Jesienią 1941 przyjechali do warszawskiego getta, które wydawało się im miejscem lepszym niż obozy, do których trafiali Żydzi ze Lwowa.
W 1942 podczas likwidacji getta Aronsonowie trafili na Umschlagplatz. Tam zostali rozdzieleni i nigdy później Stanisław Aronson nie widział już swojej rodziny. Sam uciekł z transportu do Auschwitz podczas postoju na podwarszawskich polach. Noc przeczekał, ukrywając się w kapliczce, a rano poszedł do pobliskiej wsi. Tam pomógł mu miejscowy gospodarz, który nakarmił go i zaprowadził na stację kolejową. Pociągiem wrócił do Warszawy, gdzie skontaktował się z przyjaciółmi mieszkającymi po aryjskiej stronie. Zorganizowali mu nocleg oraz fałszywe dokumenty na nazwisko Ryszard Żurawski, a potem Żukowski. Wkrótce otrzymał także propozycję wstąpienia do Armii Krajowej. Przyjął pseudonim „Rysiek” i trafił do grupy Kedywu AK kierowanej przez (Józefa Rybickiego) „Andrzeja”. Była to jednostka zajmująca się dywersją i wykonywaniem wyroków na Niemcach i Polakach, skazanych przez sądy Polski Podziemnej. 18-letni „Rysiek” był za młody na wykonywanie wyroków, więc stał w obstawie.