Tezę o związku między otwarciem monasteru a męczeństwem Jana, Antoniego i Eustachego podważył Darius Baronas, który uważa, że w tekstach informujących o powstaniu cerkwi upamiętniającej męczenników nie ma jednoznacznego wskazania, że powstała ona właśnie w Wilnie. Podkreśla on, że opis męczeństwa wskazuje, że Olgierd wyznaczył miejsce pod budowę cerkwi, lecz nie to, o które ubiegali się wyznawcy. Z drugiej strony Piotr Chomik i Darius Baronas podkreślają, że nadanie cerkwi wezwania Trójcy Świętej mogło stanowić aluzję do liczby zamordowanych w tym miejscu chrześcijanD. Baronas, Po powodu..., s. 79..
Kult męczenników wileńskich zaczął rozwijać się samorzutnie na obszarach metropolii kijowskiej. W 1374 r. zostali oni kanonizowani przez patriarchę Konstantynopola Filoteusza, z zezwoleniem na kult lokalny. Wtedy też cząstki relikwii męczenników przewieziono do Konstantynopola i umieszczono w katedrze Mądrości Bożej (Hagia Sophia). Według Piotra Chomika między r. 1390 a 1394Chomik P., Życie monastyczne..., s. 153. napisano na ich cześć nabożeństwo i słowo pochwalne, którego autorem był Michał Balsamonos. Z kolei opis męczeństwa Jana, Antoniego i Eustachego powstał bezpośrednio przed kanonizacją.