Funkcję posła po raz pierwszy sprawował z ramienia ZSL w latach 1985–1989 w Sejmie PRL IX kadencji. W 1989 bezskutecznie kandydował do Senatu. W latach 1989–1991 pełnił funkcję sędziego Trybunału Stanu. W 1991, 1993, 1997, 2001 i 2005 uzyskiwał mandat poselski z ramienia PSL. Sprawował urząd ministra ochrony środowiska, zasobów naturalnych i leśnictwa od 26 października 1993 do 31 października 1997 (w rządach Waldemara Pawlaka, Józefa Oleksego i Włodzimierza Cimoszewicza). Od 19 października 2001 do 3 marca 2003 był natomiast ministrem środowiska w rządzie Leszka MilleraPostanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 19 października 2001 r. o powołaniu w skład Rady Ministrów ().Postanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 3 marca 2003 r. o zmianie w składzie Rady Ministrów ().. W 1998 został wybrany do Sejmiku Województwa Warmińsko-Mazurskiego I kadencji.

W 2004, 2009 i 2014 bezskutecznie kandydował do Parlamentu Europejskiego. W wyborach parlamentarnych w 2007 po raz siódmy uzyskał mandat poselski, otrzymując w okręgu elbląskim 6437 głosów. Od grudnia 2007 do listopada 2011 był przewodniczącym Klubu Poselskiego PSL. W wyborach w 2011 ponownie wybrano go do Sejmu, dostał 6458 głosów.