Peucer przede wszystkim studiował nauki przyrodnicze u takich sław jak Erasmus Reinhold, Jakub Milicki i Jerzy Joachim Retyk. W wolnych chwilach korzystał również z wykładów literatury antycznej, historii oraz z filozofii i teologii. W efekcie 1 września 1545 r. był już magistrem siedmiu sztuk wyzwolonych, opanowując trivium i quadrivium. Docelowo myślał o ukończeniu studiów medycznych. Na skutek wojny szmalkaldzkiej musiał przenieść się na uczelnię we Frankfurcie nad Odrą. Jednak już w następnym roku powrócił do Wittenbergi i został przyjęty do grona nauczycieli wydziału filozoficznego.
2 czerwca 1550 r. ożenił się z Magdaleną (ur. 19 lipca 1531 r. w Wittenberdze, zm. 12 września 1576 r. tamże), córką Melanchtona. W 1552 r. przeniósł się na uniwersytet w Lipsku, gdzie podjął studia medyczne pod kierunkiem Jakuba Milickiego. 27 czerwca 1752 w Wittenberdze uzyskał licencjat z medycyny.
Od 1554 r. Peucer wykładał matematykę. Napisał pracę z geodezji (De dimensione terrae, 1550) oraz z podstaw astronomii (Elementa doctrinae de circulis coelestibus, 1551). 30 stycznia 1560 r. został doktorem medycyny. Za tym poszedł awans na profesora medycyny (wykładowcę) oraz od letniego semestru na rektora uniwersytetu wittenberskiego.