W XIX wieku wybudowano nowy gmach szpitala Ducha Świętego, w 1875 roku postawiona została plebania, w 1881 roku wikarówka, naprawiono wówczas również mury świątyni, odrestaurowano ołtarze boczne, położono nową posadzkę, w 1882 roku przelano dzwony, w 1888 roku ogrodzono murem cmentarz przykościelny a w 1889 roku zakupiono nowe organy. Nie udało się jednak ocalić średniowiecznych witraży, które przeniesiono w 1888 roku do kaplicy malborskiego zamku. W 1925 roku przeprowadzono kolejne prace remontowe, wyremontowano prezbiterium i przełożono dach. W 1928 roku odrestaurowano natomiast części nawowe kościoła parafialnego. Po zakończeniu I wojny światowej powrócili do Chełmna księża Misjonarze, którzy zaczęli pełnić funkcję kapelanów Szarytek, natomiast w 1929 roku przybyli do miasta księża Pallotyni. W czasie II wojny światowej, świątynia wiele nie ucierpiała, jednakże wojska okupacyjne zabrały dzwony oraz księgi metrykalne. W XX wieku parafia chełmińska została podzielona i 21 grudnia 1946 roku powołano drugą parafia na terenie Chełmna, przy kościele św. Józefa.