Od końca października 2012 roku na okres lokautu w sezonie NHL (2012/2013) związany kontraktem z macierzystym klubem HC Czeskie Budziejowice. W lipcu 2014 przedłużył kontrakt z Senators o trzy lata. Od lutego 2016 zawodnik Toronto Maple Leafs.
Kariera reprezentacyjna mały|240px|Bracia Milan (z lewej) i Zbyněk (z prawej) Michálek naprzeciw siebie w meczu NHL (2006) mały|240px|Milan Michálek z prawej (2007) Zawodnik wielokrotnie uczestniczył w meczach międzynarodowych reprezentacji Czech w różnych kategoriach wiekowych. Największych sukcesem jak dotychczas tego zawodnika grając dla reprezentacji to brązowy medal mistrzostw świata juniorów do lat 18 w 2002 roku. Poza tym wystartował również w tym turnieju rok wcześniej, a rok później grał w mistrzostwach świata juniorów do lat 20. Nie zdobył tam jednak medalu.
W kadrze seniorskiej uczestniczył w turniejach mistrzostw świata 2003, 2009, 2011, 2012, zimowych igrzysk olimpijskich 2010, 2014, Pucharu Świata 2016.
Statystyki międzynarodowe
Rok Drużyna Turniej Zajęte miejsce M G A Pkt MIN 2001 Czechy MŚJ 2001 4. miejsce 7 1 1 2 6 2002 Czechy MŚJ 2002 3. miejsce 8 7 1 8 30 2003 Czechy MŚJ 2003 6. miejsce 6 2 2 4 2 2003 Czechy MŚ 2003 4. miejsce 1 0 0 0 0 2009 Czechy MŚ 2009 6.