Podczas US Open Series Isner doszedł do ćwierćfinału w Waszyngtonie, przegrywając z Juanem Martínem del Potro, natomiast na US Open został pokonany w I rundzie przez Andreasa Becka. Pod koniec września Isner wygrał zawody kategorii ATP Challenger Tour w Lubbock, po pokonaniu w finale Franka Dancevicia.
Na koniec roku Isner zajmował 144. miejsce w zestawieniu ATP.
Sezon 2009 thumb|Isner podczas US Open (2009) Rok Amerykanin zaczął od startu w Auckland, przechodząc najpierw eliminacje. W turnieju głównym Isner pokonał Alberta Montañésa oraz swojego rodaka Robby’ego Ginepriego. W ćwierćfinale odpadł z Robinem Söderlingiem. W Australian Open wystąpił dzięki dzikiej karcie. Swój udział zakończył w I rundzie, odpadając z Dominikiem Hrbatym.
W połowie marca Amerykanin osiągnął IV rundę zawodów ATP World Tour Masters 1000 w Indian Wells. Isner po drodze wyeliminował m.in. Gaëla Monfilsa, a także byłego lidera światowego rankingu, Marata Safina. Spotkanie o ćwierćfinał przegrał z Juanem Martínem del Potro.
Na dzień przed rozpoczęciem Rolanda Garrosa Isner zrezygnował z gry w turnieju z powodu zdiagnozowania mononukleozy.