Puchar Słowacji w piłce nożnej 2009/2010 (słow. Slovenský pohár vo futbale 2009/2010) był 41. edycją tych rozgrywek, z czego 17. w niepodległym państwie słowackimW latach 1969–1993 zwycięzca Pucharu Słowacji awansował do meczu finałowego o Puchar Czechosłowacji, gdzie spotykał się z triumfatorem Pucharu Czech.. Zwycięzca – Slovan Bratysława – otrzymał samo trofeum oraz prawo gry w III rundzie kwalifikacyjnej Ligi Europy UEFA 2010/2011.
Rozgrywki składały się z 6 części: I rundy, II rundy, III rundy, ćwierćfinałów (dwumecze), półfinałów (dwumecze), finału.
I runda Do startu w tej części rozgrywek uprawnione były: 34 drużyny I i II ligi z wyjątkiem zespołów rezerw i juniorów, zdobywcy 4 pucharów regionalnych. Wszystkie mecze rozegrano 5 sierpnia 2009 o godz. 17:00, z wyjątkiem spotkań: MFK Topolczany – FC ViOn Zlaté Moravce, Goral Stara Lubowla – LAFC Łuczeniec i FC Nové Zámky – Mesto Prievidza, które rozegrano 4 sierpnia 2009 o godz.