W 1949 r. decyzją polskich władz rozwiązano wiele klubów oraz zorganizowano kluby branżowe, na wzór radzieckich zespołów. Polonia została skierowana do branży budowniczej i w 1949 r. przemianowana na KS Budowlani Świdnica. Piłkarze przez dwa następne sezony występowali w II lidze. Sekcja piłkarska Polonii Świdnica zajmuje w rankingu wszech czasów II ligi 158. miejsce – w 36 meczach wywalczyli 24 pkt. (wtedy za zwycięstwo otrzymywało się 2 pkt.), odnieśli 9 zwycięstw, 6 remisów i 21 porażek, strzelając 49 goli i tracąc 88. Po dwóch spędzonych sezonach w II lidze, w 1950 r. zespół uplasował się na 9. miejscu i spadł do ligi regionalnej. W 1951 r. klub został przeniesiony do branży kolejowej i nazwany ZKS Kolejarz Świdnica a w 1952 r. do przemysłu metalowego i nazywał się ZKS Stal Świdnica. W 1953 r. powrócił do historycznej nazwy MKS Polonia Świdnica.
W sezonie 1966/67 grał w III lidze, grupa: I (Śląsk), ale zajął spadkowe 15. miejsce i wrócił do rozgrywek regionalnych. Po dłuższej przerwie, dopiero w sezonie 1991/92 klub ponownie grał w III lidze, grupa: VII (Dolny Śląsk), gdzie zajął wysokie 3. miejsce. Przez kilka kolejnych sezonów piłkarze walczyli o awans do II ligi i byli blisko powtórzenia sukcesu sprzed lat. W sezonie 1997/98 drużyna zajęła 15. miejsce w grupie II (dolnośląska) III ligi i spadła do ligi regionalnej.