28 października został zestrzelony i spędził w wodach kanału La Manche blisko 2 godziny, zanim go nie wyłowił statek ratowniczy.
Loty bojowe wykonane nad Anglią zwiększyły ogólną ilość misji przeprowadzonych przez Barkhorna do 38, zestrzeleń żadnych w tym czasie jednak nie uzyskał. Nie wydawał się w tym okresie materiałem na dobrego pilota myśliwskiego. Niski poziom kwalifikacji wynikał wtedy zarówno z braku praktyki i z trudnych warunków walki z wymagającym przeciwnikiem oraz z powodu braku nawyku agresywnego latania i poważnych problemów z prowadzeniem ostrzału nieprzyjacielskich celów w powietrzu. Przyswoił sobie jednak w tym czasie zasady latania i walki w grupie, dzięki czemu udało mu się przeżyć ten ciężki okres.
Front wschodni Trudne początki Po agresji Niemiec na Związek Sowiecki Barkhorn zyskał możliwość osiągnięcia pierwszych sukcesów. Jednak sukcesy te przychodziły opornie. W jednej z pierwszych walk przeciw lotnictwu radzieckiemu Barkhorn natknął się na bombowiec, do którego wystrzelał cały zasób amunicji, nie uzyskując żadnych trafień, ponieważ prowadził ogień ze zbyt dużej odległości. Stał się przez to obiektem docinków i drwin ze strony kolegów-lotników.