Zmuszony został do przymusowego lądowania w przygodnym terenie na swoim uszkodzonym Bf 109 G-6 (W.Nr 163195, podwójny winkiel z białą 5-ką), który podczas tego lądowania został niemal doszczętnie zniszczony.
Ostatnie miesiące wojny Po prawie półrocznej rekonwalescencji „Gerd” powrócił do wykonywania lotów bojowych jako dowódca II/JG 52 i do czasu jej opuszczenia 15 stycznia 1945 uzyskał jeszcze 50 strąceń, w tym 275. sukces w dniu 14 listopada i 301. zestrzelenie 5 stycznia.
Wraz z odejściem z JG 52 Barkhorn został promowany na dowódcę JG 6 stacjonującej wówczas w Sorau (obecnie Żary). Funkcję tę pełnił do połowy kwietnia. Wtedy to został namówiony przez Gallanda do wstąpienia do JV 44 – jednostki myśliwców odrzutowych Me 262. Podczas wykonywania drugiego z lotów bojowych, a ostatniego w swojej karierze, przeprowadzonego najprawdopodobniej 17 kwietnia 1945 roku, Barkhorn został ponownie ranny. Podczas starcia z amerykańskimi myśliwcami Mustang jeden z silników jego myśliwca uległ awarii, co w konsekwencji zmusiło go do wyjścia z walki.