Główny bohater, który stracił pamięć i początkowo jego tożsamość jest nieznana, otrzymuje pseudonim Naznaczony. Aby spłacić dług za swoje ocalenie, otrzymuje od Sidorowicza szereg zadań do wykonania, które finalnie doprowadzą go do odkrycia największych tajemnic zony.
Zakończenia gry Gracz może ukończyć grę na siedem sposobów: zakończenia z Monolitem (tzw. fałszywe zakończenia): jeśli gracz zabije przywódców Wolności i Powinności, Striełok wypowiada życzenie Chcę rządzić światem. Wtedy Monolit wchłonie jego świadomość, która stanie się jego częścią; jeśli gracz zdobędzie minimum 50 tysięcy rubli, Striełok wypowiada życzenie Chcę być bogaty. Wtedy Striełok zobaczy spadający deszcz złotych monet, który jest iluzją stworzoną przez Monolit. W rzeczywistości jest to walący się dach, który grzebie Striełoka pod zwałami gruzu; jeśli gracz ma złą reputację, Striełok wypowiada życzenie Ludzkość jest zepsuta i musi zostać poddana kontroli. Striełok ma wizję końca świata, po czym budzi się w ciemnym miejscu, gdzie nie ma nic oprócz niego; jeśli gracz ma świetną reputację, Striełok wypowiada życzenie Chcę, żeby Zona zniknęła. Striełok ma wizję Czarnobyla przed katastrofą, po czym okazuje się, że został oślepiony; jeśli gracz nie spełnił żadnego z powyższych warunków, Striełok wypowiada życzenie Chcę być nieśmiertelny.