W czasach akademickich, organizował i uczestniczył w demonstracjach przeciwko obecności Brytyjczyków w Egipcie, bowiem oprócz idei syjonizmu od dziecka był również patriotą kraju swego urodzenia. Pod wpływem naczelnego rabina Aleksandrii zaczął aktywnie uczestniczyć w ruchu syjonistycznym. W 1948 r. zgłosił się na ochotnika do armii egipskiej, chcąc uniknąć zapłacenia – ustalonego przez rząd – haraczu dla młodych Żydów, którzy mieliby unikać służby wojskowej. Nie został tam jednak przyjęty, bowiem podano w wątpliwość jego lojalność wobec Egiptu. W 1949 r. jego bliscy przenieśli się do nowo utworzonego państwa izraelskiego, Eli jednak pozostał w Egipcie, by wspierać organizację odpowiedzialną za nielegalny przerzut Żydów do nowej ojczyzny. Zaczął współpracować z izraelskim służbami, lecz nadmierna pewność siebie zablokowała wówczas jego karierę w wywiadzie. W 1954 r. został aresztowany przez egipskie władze pod zarzutem udziału w komórce terrorystycznej, ale brak niepodważalnych dowodów spowodował, że go uwolniono (podczas gdy inni oskarżeni w tej samej sprawie zostali skazani, bądź straceni).