Oficjalnie opublikowane dane mówią o 314 zabitych i 537 rannych, szacuje się jednak że mogło zginąć nawet kilka tysięcy osób. thumb|upright=1.2|Amerykański M113, w pobliżu zniszczonych kwater PDF podczas drugiego dnia inwazji.

Pozarządowa organizacja, „Physicians for Human Rights” – PHR (Lekarze na rzecz Praw Człowieka) – w swoim sprawozdaniu wydanym rok po inwazji oceniła, że co najmniej 300 osób cywilnych zginęło w wyniku walk; niezależne śledztwo prowadzone przez byłego prokuratora generalnego Ramsey Clarka wykazało ponad 4 tys. ofiar.

W raporcie PHR stwierdzono, że ani USA, ani rządy Panamy nie podały dokładnej liczby rannych oraz że wysiłki dokonywane dla zaspokojenia podstawowych potrzeb tysięcy bezdomnych cywilów były niewystarczające. Raport szacował liczbę wysiedlonych cywilów na ponad 15 tys., podczas gdy USA zapewniły wsparcie i pomoc dla 3 tys. z nich. Tak duża liczba ofiar miała być skutkiem nadmiernego użycia siły oraz nowych broni użytych przez amerykańskie wojsko.

Według oficjalnych danych Pentagonu 516 Panamczyków zostało zabitych podczas inwazji;