Wśród otoczenia króla pruskiego Fryderyka Wilhelma II istniały plany przeniesienia obrazu Królowej Korony Polskiej z Częstochowy do Krakowa. W Austrii postąpiono inaczej: ograniczono swobodę polityczną Kościoła oraz wszelkie kontakty z Rzymem. Dokumenty i bulle wydawane przez papieża musiały zostać potwierdzone przez władze państwowe. Cesarz Józef II w ramach swoich reform zlikwidował wiele klasztorów oraz ograniczył dochody Kościoła. Wprowadzano też mniejsze, ale istotne zmiany (np. zmieniono werset litanii loretańskiej Królowo Korony Polskiej módl się za nami na Królowo Galicji i Lodomerii módl się za nami).
Pierwsze spiski konspiracyjne w kraju Po III rozbiorze Polski, a nawet już zaraz po upadku insurekcji kościuszkowskiej, utworzyły się organizacje o charakterze konspiracyjnym zmierzające do wybuchu powstania i utworzenia republiki opartej na zasadach demokratycznych. Już w 1793 roku w Galicji twórcy projektu Charty Leopoldina wysuwali pomysł rozwiązania sprawy polskiej poprzez powołanie Habsburga na tron polski. Plany te nie zostały zrealizowane wobec upadku insurekcji. 6 stycznia 1796 roku wraz z opuszczeniem przez wojska pruskie Krakowa została tam zawiązana konfederacja. Jej program opierał się na walce zbrojnej w przymierzu z Francją i Turcją przeciwko Austrii. Wodzem nowego powstania miał zostać Karol Kniaziewicz.