Jako przedwojenny działacz SN był poszukiwany przez Gestapo, dlatego w listopadzie 1939 przybrał nazwisko Stefan Norski, posługiwał się również fałszywymi dokumentami na to nazwisko oraz utlenił włosy i zaczął nosić okulary.
NOB działał w skrajnie trudnych warunkach, gdyż na terenach Wielkopolski utworzono Kraj Warty, który został włączony formalnie do III Rzeszy. Gestapo bardzo szybko, bo już zimą 1939, wpadło na trop NOB i zwerbowało do współpracy jej członka Zenona Ciemniejewskiego pseudonim „Modrzew”. Dzięki informacjom zebranym przez konfidenta, Gestapo mogło przeprowadzić w grudniu 1940 masowe aresztowania działaczy NOB. Mścisław Frankowski został aresztowany 6 grudnia 1940 i trafił do poznańskiej siedziby Gestapo mieszczącej się w przedwojennym Domu Żołnierza. Tam był przesłuchiwany i prawdopodobnie torturowany. Następnie został przewieziony do poznańskiego Fortu VII. Wiosną 1941 przeniesiony został najpierw do więzienia we Wronkach, a następnie w Elbągu. Wreszcie trafił do Berlina, gdzie został formalnie oskarżony o przygotowania do zdrady stanu (Wielkopolska była wówczas formalnie częścią III Rzeszy).