Mimo formalnego zjednoczenia Cerkwi Zagranicznej struktury z Rosyjskim Kościołem Prawosławnym w 2003 parafie, które zmieniły jurysdykcję w I połowie XX w. w dalszym ciągu pozostają podporządkowane metropolitom pół-autonomicznego Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego poza granicami Rosji, a nie odpowiednim dekanatom terytorialnym. W związku z tym w 1992 w jurysdykcji eparchii berlińskiej i niemieckiej znajdowało się tylko 12 parafii. Obecnie liczba ta wynosi 61, na terenie Niemiec działa ponadto 1 monaster męski.
Eparchia dzieli się na pięć dekanatów: północny, bawarsko-heski, południowy, wschodni i zachodni.
Biskupi berlińscy Godność biskupa berlińskiego w Rosyjskim Kościele Prawosławnym pełnili następujący hierarchowie: Aleksander (Niemołowski), 1945–1948 Sergiusz (Korolow), 1948–1950 Borys (Wik), 1950–1954 Michał (Czub), 1957–1959 Jan (Razumow), 1959–1960 (locum tenens) Jan (Wiendłand), 1960–1962 Filaret (Denysenko), 1962 (locum tenens) Sergiusz (Łarin), 1962–1964 Cyprian (Ziornow), 1964–1966 Jonatan (Kopołowicz), 1966–1967 (locum tenens) Włodzimierz