Gry, które stworzono bezpośrednio dla Atari Flashback 2, nie mają takich problemów, gdyż od początku produkcji były one dostosowane do tej konsoli.
Gniazdo kartridży Atari Flashback 2 w przeciwieństwie do pierwowzoru, którym była konsola Atari 2600 nie posiadała gniazda kartridży, jednak osoby posiadające odpowiednie umiejętności były w stanie zmodyfikować konsolę tak aby można było na niej używać wymiennych kartridży z Atari 2600. Płyta główna konsoli Flashback 2 posiada nadrukowane informacje, które ułatwiają instalację gniazda kartridży, poza tym po zainstalowaniu odpowiedniego przełącznika można nadal korzystać z gier wbudowanych w system.
Lista gier Wbudowane w konsolę gry zostały podzielone na cztery kategorie, które można wybrać z poziomu konsoli. Po wybraniu kategorii nie jest możliwe cofnięcie się do poprzedniego ekranu, jedynym sposobem, aby to zrobić jest wówczas wciśnięcie przycisku reset lub wyłączenie i ponowne uruchomienie konsoli.
Kategoria "Adventure Territory" Adventure Adventure II Haunted House Return To Haunted House Secret Quest Wizard
Kategoria "Arcade Favorites" Arcade Asteroids Arcade Pong Asteroids Deluxe Battlezone Centipede Lunar Lander Millipede Missile Command Space Duel