Podczas walki należy się dobrze zastanowić nad wyborem broni; jedne wymagają amunicji, inne energii samego mecha, a także zwracać uwagę na teren na którym toczy się bitwa: niektóre mechy bardzo dobrze radzą sobie na lądzie, inne są lepsze w kosmosie lub pod wodą. Piloci posiadają też specjalne Spirit Commands, które są odpowiednikami magii. Każdy pilot posiada 6 umiejętności z ponad 30 dostępnych i różnią się one między sobą. Określone umiejętności pomagają uniknąć następnego ataku (Alert), podnoszą obronę przed atakami (Guard) czy podwajają zadawane obrażenia (Valor). Jeśli podczas walki Gracz zaliczy jakieś wyjątkowo trudne zadanie, np. zestrzelić bossa nie dając mu uciec lub ochrona sojuszniczych jednostek, może on zostać nagrodzony Mistrzostwem Bojowym (Battle Mastery), które mają wpływ na poziom trudności gry i zebranie określonej ilości Mistrzostw daje Graczowi dostęp do nowych mechów i poziomów. Po zakończeniu walki następuje kolejny dialog pomiędzy postaciami, po którym Gracz zostaje przeniesiony do menu, w którym może zapisać grę, za zdobyte w walce pieniądze udoskonalić mechy i ich uzbrojenie, nauczyć pilotów nowych umiejętności lub udoskonalić ich statystyki.