Po zwolnieniu nie angażował się w działalność polityczną. Od końca lat 70. pracował w przedsiębiorstwie architektonicznym, później został jego głównym menedżerem. Do aktywności publicznej powrócił na początku 1990 w okresie przemian demokratycznych. Wstąpił wówczas do Chorwackiej Wspólnoty Demokratycznej Franja Tuđmana, został sekretarzem partii, a później przewodniczącym jej komitetu wykonawczego. HDZ zwyciężyła w tym samym roku w pierwszych wielopartyjnych wyborach do trzyizbowego parlamentu. 30 maja 1990 Stjepan Mesić objął urząd premiera, sprawując go do 24 sierpnia 1990. Ustąpił w związku z powołaniem w skład Prezydium Jugosławii, kolegialnej głowy federacji. Od 30 czerwca 1991 do 3 października 1991 pełnił funkcję przewodniczącego tej instytucji (był równocześnie sekretarzem generalnym Ruchu Państw Niezaangażowanych). Został usunięty z Prezydium Jugosławii po tym, jak Chorwacja wystąpiła z rządu federalnego.
We wrześniu 1992, po kolejnych wyborach, został przewodniczącym Zgromadzenia Chorwackiego. Funkcję tę pełnił do maja 1994. Odszedł z HDZ po konflikcie z władzami tej partii, dołączając do ugrupowania HND, które w wyborach w 1995 poniosło porażkę.