Ksenokrates rozwinął także metodę alegoryczną, praktykował bowiem alegoryczną interpretację bóstw olimpijskich jako sił natury. Podobnie jak Speuzyp, wykazywał głębokie zainteresowanie Pitagorasem i pitagoreizmem, co objawiało się w próbach rekonstrukcji domniemanej pierwotnej filozofii Pitagorasa. Wątki pitagorejskie były prawdopodobnie szczególnie mocno obecne u Speuzypa, któremu przypisowano identyfikację omawianego w Timajosie Pierwowzoru z pitagorejską Dziesiątką. W późniejszych wiekach koncepcje te oddziałały na filozofię neopitagorejską.