11 listopada 1606 roku podpisał z Turkami Osmańskimi kompromisowy pokój w Zsitvatörök, który nie dawał Habsburgom nowych nabytków terytorialnych, ale zwalniał ich z trybutu na rzecz sułtana. Tym samym zakończył wieloletnią wojnę z Turkami na Węgrzech. Ponieważ Rudolf II nie chciał zgodzić się na takie warunki traktatu, Maciej porozumiał się ze stanami austriackimi i odsunął brata od władzy. W czerwcu 1608 roku bracia zawarli ugodę w Lieben, na mocy której Maciej otrzymał władzę w Austrii i na Morawach, a ponadto koronował się oficjalnie na króla Węgier.
Cesarzem został po śmierci brata w 1612 roku. W swoich rządach opierał się na poradach Klesla, którego w 1611 roku postawił na czele swojej Tajnej Rady, czyli kolegium doradców. Początkowo starał się łagodzić spory religijne tak w Niemczech, jak i w krajach dziedzicznych, jednak dążenie do wzmocnienia władzy monarszej w krajach dziedzicznych wywołało zdecydowany opór szlachty, a zniechęcony Maciej w końcu przestał wysłuchiwać skarg protestantów. W ten sposób jego rządy pogłębiły antagonizmy wyznaniowe w krajach habsburskich i doprowadziły do wojny trzydziestoletniej, której bezpośrednią przyczyną była defenestracja praska, do której doszło w praskim zamku na Hradczanach.